C'est fait, les diplômes catholiques seront désormais reconnus par l'État français, éclipsant des principes vieux de plus d'un siècle. En effet, suite à la Révolution, un décret de 1793 supprime toutes les universités françaises qui sont très liées au clergé. A la place, sont créées les grandes écoles; puis des universités, désormais laïques, sont recrées sous Napoléon. Des universités catholiques réapparaissent à Paris, Lille, Angers, Lyon et Toulouse en 1875, lorsque la loi autorise à fonder des établissements privés d’enseignement supérieur. En 1880, une loi enlève le droit aux établissements catholiques de distribuer des diplômes universitaires reconnus par l'Etat, et les universités catholiques doivent désormais s'appeler « institut ». Enfin, le 9 décembre 1905, la loi sur la séparation de l'Église et de l'État trace clairement la limite entre l'Etat et la religion.

Eh bien, un décret du président de la République (décret n°2009-427 du 16 avril 2009) abolit une loi de 1880 qui enlevait aux établissements catholiques le droit de distribuer des diplômes universitaires reconnus par l'Etat. Merci qui ? Merci notre cher président de la République, fervent catholique et qui ne cache pas son mépris pour la laïcité, et merci Bernard Kouchner, qui en tant que Ministre des Affaires Etrangères, a signé avec le Vatican l'accord du 18 décembre 2008 qui a précédé le décret du l'Elysée. Tout cela pour faire plaisir au Pape, aux 35 000 étudiants des instituts catholiques, leurs parents, et leurs paroisses. De plus, ce décret de reconnaissances de diplômes semble incompatible avec l'alinéa premier de l'article L.613-1 du Code de l'éducation, dans sa version issue de la loi de modernisation sociale du 17 janvier 2002, actuellement en vigueur, qui stipule que « L'Etat a le monopole de la collation des grades et titres universitaires ».

Il faut cependant savoir qu'actuellement, « La Catho » (surnom des instituts catholiques) délivre certains diplômes d'État en convention avec les universités ou des laboratoires publiques, et que l'État les subventionne. Ainsi, la contribution de l'État serait à hauteur de 1200 euros par an et par étudiant à l'institut catholique de Lille (environ 15%), et atteindrait les 30% à Paris (voir ici). Tout cela, sachant que les frais d'inscriptions sont dix fois plus élevés (autour de 4000 euros par an) chez les catholiques que dans le public. Mais désormais, tous les diplômes, y compris dans les filières générales telles que les mathématiques ou l'histoire, seront complétement compatibles avec les ceux des universités publiques en France comme à l'étranger, et ceci, bien que les enseignants ne soient pas sélectionnés selon les mêmes critères - il peut arriver, par exemple, que les enseignants soient des prêtres.

Ce faisant, le gouvernement a réussi d'une pierre deux coups : développer les inégalités entre étudiants et favorisé la concurrence entre universités (publiques et privées), grand cheval de bataille de Valérie Pécresse, et démantelé un des principes de base de la laïcité, élément fondateur de la société française depuis plus d'un siècle.